在通风柜在运行的过程中，可能会遇到各种各样的问题，用户要有一定的操作知识，保证设备运行的稳定性。
　　通风柜的主要作用是吸收有害气体，保护实验环境的安全。设备的表面风速由窗户的高度决定。窗户的高度越高，地面风速就会越快。我们做实验的时候，正确的方法是把实验放在通风柜能吸收的范围内。
　　实验负压的控制，如果实验室有很多通风柜，并且长期使用，长时间排风可能会导致室内负压，一旦产生负压环境，就会导致空气回流的现象。为了保证室内气压的稳定，有必要为实验室设置送风系统。长时间使用通风柜时，应开启送风系统，减少室内负压的危险。同时，可变风量控制装置可用于调节设备的送风量和排风量。
　　通风柜运行时，风量大小和覆盖范围是决定通风效果的主要因素，然后综合考虑设备的性能。
　　风量的大小直接决定了能否满足实验室的通风要求。风量大的风机甚至可以被多个通风柜同时使用，比如离心风机，多用于集中通风系统，其风力大到可以让多个通风柜同时使用，而轴流风机是比较小的风机，多用于分散通风系统，直接安装在通风柜上方。一个轴流风扇被固定以仅向一个设备供应空气。
　　风力强可以满足地基的通风要求，但太强就不好了。如果通风柜风力过大，更容易造成气流紊乱。湍流会造成设备内部气体的混乱，造成污染气体的泄漏。
　　所以通风柜的风力Z好保持在合适的强度。如果太低，就达不到用风需求，导致污染气体得不到有效的吸收和排放。但如果风速过高，会导致气流不稳定，进而造成污染气体逃逸。